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肿瘤

2018 ASCO精彩回顾 TMB与无创诊断ctDNA测序

来源:    时间:2018年06月29日    点击数:    5星

靶向治疗和免疫抑制剂治疗已是晚期恶性黑色素瘤和非小细胞肺癌的主要治疗方式。伴随而来的探索性分子标记物跃入公众视野,而TMB的探讨和无创ctDNA(circulating tumor DNA)肿瘤诊断平台不断演化也逐渐在改变肿瘤组织活检的临床实践局限性和风险。2018 ASCO连续发布数篇此方面研究,受到业界关注。

当地时间6月2日下午,MSKCC的Timothy A. Chan教授以免疫治疗的分子标记物——TMB为题,重点讨论了如何精准免疫治疗,哪些分子标记物具有潜力等。虽然PD-L1已作为晚期NSCLC的一个预测因子,帮助临床优化病人选择,但仍需要更多更好的标记物来精准治疗。目前来说,突变负荷、新抗原负荷以及HLA等都有可能成为协同预测因子。以热议的TMB为例,2014年在恶性黑色素瘤首次报道TMB可能与免疫治疗的疗效相关。KEYNOTE-001在二线NSCLC中也证明TMB与持续临床获益有关。至今已有多个研究回顾性的表明TMB可能作为一个潜在的免疫治疗预测因子。

图1,摘自Timothy Chan’presentation at 2018 ASCO Annual Meeting

Timothy A. Chan教授也介绍了检测TMB的最佳方法WES和FDA已批准检测法(F1CDx和MSK-IMPACT)(表1),每种检测方法对TMB的定义都略有不同。鉴于众多临床研究开展回顾性TMB分析,采用不同的检测法、不同的分界值等等,研究者也提出几个关切点,希望开展更多临床研究予以解答,辅助临床优化患者治疗决策。①选择WES还是靶向panel测定TMB?②需要全部的外显子突变还是测定每个MB有多少个突变即可?③突变的threshold是多少?④不同肿瘤类型threshold?⑤新抗原与TMB的关系;⑥克隆分析与TMB的关系;⑦cfDNA(cell-free DNA)等。

表1,摘自Timothy Chan’presentation at 2018 ASCO Annual Meeting

无创诊断包括液体检测(ctDNA,循环肿瘤细胞、蛋白代谢组学、以及外泌体等),尿液活检,甚至呼吸活检。这些二代无创分子诊断凭借其样本可及性、可持续性等特点,正在逐渐成为肿瘤组织NGS的补充,并有取代组织活检所无法企及的功能——动态监测肿瘤标记物。当地时间6月4日下午,tumor biology——poster session集中发布了众多相关研究。本文摘出两篇以供读者浅尝。

摘自:2018 ASCO EDUCATIONAL BOOK

Poster 12042

Circulating tumor DNA as biomarker in mutant malignant melanoma.

携突变基因的恶性黑色素瘤ctDNA具有预测因子价值

LDH和S100B作为恶性黑色素瘤的标记物均缺乏一定的敏感度和特异性。Jan Braune带领的德国研究团队在局部进展或转移性恶黑中通过检测含BRAF和NRAS的ctDNA,预测治疗疗效和PFS。研究分析了来自40名患者的168例回顾性标本,同时分析了来自前瞻性研究的33名患者的331例血清样本。患者人群选择计划手术的III期或未化疗/改变化疗方案前的IV期患者。第8天的血清样本作为基线,随后第28天做第二次抽血,之后每3个月抽血一次,直至最大2年。所有样本经ddPCR检测BRAF、NRAS和野生型ctDNA。

分析结果:

1、特异实验的敏感度为0.01%,每孔的空白限制为0.28。37例IV期回顾性样本中,至少一次检测到29例阳性。阳性III期和IV期患者的平均ctNDA拷贝数分别为9 copies/ml(范围1-17),283copies/ml(范围0.1-16388)。

2、所有8个ctDNA阴性患者中,从治疗疗效分析,3例CR,3例SD。

3、如在治疗开始后1个月测出ctNDA阳性,预后差([HR] 1.9,95% CI 0.85-4.44)。而未检测到ctDNA增加的预后更好,尤其针对免疫治疗([HR] 0.07,95% CI 0.007-0.68)。

4、基于可检测的290对样本,发现ctDNA与S100(r=0.73)和LDH(r=0.52)具有相关性。

因此,Jan Braune教授指出在首次临床疗效评估时,ctDNA可作为疗效预测因子。尤其对于接受免疫治疗的患者,ctDNA从阳性转阴性,或阳性值降低标志着更有利的预后。

Poster 12045

Mutation count, a potential surrogate for tumor mutation load, of circulating tumor DNA (ctDNA) using targeted panel sequencing correlates with clinical outcomes in late stage lung adenocarcinoma and small cell lung cancer.

由Stephanie Yaung领衔的德国科学家团队自主搭建靶向基因组测序平台,测定肿瘤突变负荷替代指标突变数,用于评估晚期肺腺癌和小细胞肺癌。

现阶段常规测定突变数需要提供肿瘤组织,通过全外显子测序或大规模的靶向基因组测序获得。而对于肺癌晚期患者来说肿瘤活检是一个问题。因此,Stephanie Yaung的团队考虑尝试无创的血液检测,研发只需五分之一长度的基因panel。研究的所有血清标本均为前瞻性观察研究的未经治疗患者,包括43例肺腺癌和72例小细胞肺癌。采用AVENIO ctDNA Surveillance Kit,在含198kb的靶向NGS平台测定突变数。生物信息学分析时,将同义突变和普遍的驱动突变基因从检测的体细胞突变中过滤掉,再计算每Kb的突变数。高突变数定义为高于所在癌种突变三分之一。

分析结果:

1、43例肺腺癌的中位突变数:9;72例SCLC的中位突变数:14。

2、低突变数的肺腺癌表现出更好的生存获益。而正相反,低突变数的SCLC生存获益较差。

同时,研究者发现肺癌组织的差异是测定突变数的关键。他们正在开展校验研究已证实以上结果。

在精准医学的时代,肿瘤领域以前所未有的步伐在改变很多肿瘤类型的治疗策略。无创诊断是一项极具挑战性的新技术,在精准治疗中会扮演越来越重要的角色。每一项技术应用临床需考虑到几个方面:技术的敏感度、生物材料的充分性、通量大小、临床的需求性等。本次ASCO上也再次强调开展大规模前瞻临床研究以校验这些新技术平台的临床可实现性。

 

(撰文:晁帆 审校:陈力)

 

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